Visão Geral

Curso R Bioconductor for Bioinformatics. Mergulhe no intrincado mundo da bioinformática com nosso Curso R Bioconductor for Bioinformatics, especialmente adaptado para aqueles que desejam dominar técnicas de ponta. O Curso R Bioconductor for Bioinformatics apresenta sistematicamente aos participantes o sequenciamento avançado usando Bioconductor, permitindo-lhes compreender as complexidades fundamentais do campo. Além disso, os alunos ganharão experiência prática na extração de dados vitais do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia (NCBI), aprimorando suas habilidades em gerenciamento e análise de dados.

Além do simples sequenciamento, o treinamento se aprofunda no vasto universo de bancos de dados do Bioconductor, capacitando os alunos com a capacidade de interagir e gerenciar esses bancos de dados de forma eficiente. Para adicionar mais uma vantagem ao seu limite de bioinformática, nosso curso culmina com uma exploração do DNS Microarray, garantindo uma experiência de aprendizagem holística. Confie nos cursos superiores para guiá-lo pelo cenário multifacetado da bioinformática usando R Bioconductor.

Publico Alvo

• Trabalhadores de Ciências da Vida
• Analistas de Bioinformática

Pre-Requisitos

Este é um curso intermediário. o seguinte conhecimento básico é assumido

• Programação R
• Bioinformática

Requisito de software

Por favor, baixe e instale o seguinte software antes da aula

• R  https://cran.r-project.org/ _
• R Studio  https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

Materiais

Conteúdo Programatico

Introduction to bioinformatics

1. What is bioinformatics
2. Types of online databases and online tools
3. Genomics resources
4. Protenomics resources

Introduction to bioConductor

1. BioConductor website
2. installing BioConductor in R
3. Bioconductor packages, vignettes, tutorials
4. Bioconductor datasets(biocViews)

Databases in BioConductor

1. Annotation Hub
2. biomarts (online biomarts)
3. Genomic (full genomes)
4. GEOquery (NCBI Gene expression Omnibus)
5. KEGG (Kyto Encyclopedia for Genes and Genomes)
6. Gene libraries

Data files in BioConductor

1. Data containers
2. 3 types of data 
3. Importing data types

ranges into BioConductor

1. Iranges
2. Granges
3. Granges plotting
4. Manipulating DNA

Next Generation Sequencing (NGS)

1. What is NGS
2. Applications of NGS
3. Visualizing NGS data

Microarrays (DNA Chip)

1. What is Microarray technology
2. Applications of microarrays
3. Visualizing microarray data

Workflows (optional)

1. What are workflows
2. Sequencing workflows