Visão Geral

Curso BioPython Basic for Bioinformatics, Biopython é um pacote Python disponível gratuitamente para biologia molecular computacional . O Biopython pode analisar os resultados do Blast (autônomo e web); executar programas relacionados à biologia (blastall, clustalw, EMBOSS); lidar com arquivos formatados FASTA; analisar arquivos GenBank; analisar PubMed, Medline e trabalhar com recursos on-line; analisar Expasy, SCOP, Rebase, UniGene, SwissProt; lidar com Sequências; classificação dos dados (k Nearest Neighbors, Bayes, SVMs); Alinhamento de sequências; Interação CORBA com Bioperl e BioJava; Armazenamento de banco de dados SQL através do BioSQL; Redes neurais; Algorítmos genéticos; Modelos ocultos de Markov; criar lindos arquivos PDF para pôsteres; formatar arquivos simples com acesso aleatório às entradas; biologia estrutural PDB, FSSP.

Objetivo

Após realizar este Curso BioPython Basic for Bioinformatics, você será capaz de:

• Manipulação de sequência usando Biopython
• Sequências de anotação
• Alinhamentos de sequência
• EXPLOSÃO
• Acessando bancos de dados NCBI

Publico Alvo

• Biólogos que desejam aprender bioinformática básica
• Cientistas de Bioinformática que desejam treinamento básico em Biopython

Pre-Requisitos

• Python básico
• Bioinformática

Materiais

Conteúdo Programatico

Introduction to Biopython

1. What is Biopython?
2. Biopython packages
3. Installing Biopython
4. Biopython website & resources

Working with Sequences

1. Parsing
2. Slicing
3. Adding
4. Concatenating
5. Reverse complementing

Annotating Sequences

1. FASTA record
2. GenBank record
3. Chromosomal Location
4. Sequence type

Working with Sequence files

1. Parsing a file
2. Reading from a file
3. Writing to file
4. Converting file formats

Sequence Alignment

1. Parsing an alignment file
2. Reading an alignment file
3. Writing alignments to file
4. Converting file formats
5. Manipulating alignments

BLAST

1. What is BLAST?
2. Running BLAST
3. Parsing BLAST output
4. Searching within BLAST output

Accessing Entrez Databases at NCBI

1. Connect to Entrez
2. List accessible Entrez Databases
3. Search Entrez Databases
4. Upload identifiers for searching
5. Return search results
6. Parsing results

Simple Plotting (optional)

1. Plot %GC 
2. Plot sequence similarity (nucleotide dot plot)
3. Plot quality scores of sequencing reads